Trước cách mạng tháng tám năm 1945, tổng Trường Yên, nay là xã Trường Yên gồm 7 xã những năm 1960, xã Trường Yên huyện Gia Khánh (nay là huyện Hoa Lư, tỉnh Ninh Bình) được đánh giá là nơi có phong trào giáo dục phát triển nên tháng 9/1960 xã Trường Yên được tỉnh và huyện cho xây dựng trường cấp 2 Quốc lập, đặt tên trường là trường cấp 2 Hoa Lư - Trường Yên.

Đc Nguyễn Thế Vịnh, Bí thư Ban chấp hành Đảng bộ xã, chủ tịch HĐND xã trao Quyết định công nhận trường đạt chuẩn Quốc gia mức độ II cho lãnh đạo nhà trường

 Những năm đầu thành lập, trường có 113 học sinh với 2 lớp, 01  lớp 5 với 60 học sinh, 01 lớp 6 với 53 học sinh ở cấp 2 Ninh Khánh và cấp 2 Điện Biên về. Buổi sáng học sinh cấp hai học, buổi chiều học sinh cấp 1 học). Trong những năm đầu thành lập từ năm 1960-1964 thày và trò cùng gây dựng nền móng giáo dục với biết bao gian khó. Miền Bắc vừa kháng chiến chống Pháp thành công,  phấn khởi đi lên xây dựng chủ nghĩa xã hội nhưng tàn dư của chiến tranh còn để lại khá nặng nề đặc biệt là giặc đói và giặc dốt. Tuy vậy các thày, cô giáo và học sinh đã nỗ lực xây dựng nhà trường tiên tiến, điển hình là đã xây dựng được các cơ sở vật chất (vườn thực nghiệm tổng hợp ở phủ Bà Chúa có sức thuyết phục với các nhà trường trong tỉnh, là cơ sở ghép cây ươm giống, có các loại họ cây, các loại cây nêu lên được quá trình phát triển của giống sinh vật, vườn Địa lí có con quay đo hướng gió, có đồng hồ đo mặt trời để dự báo thời tiết, có sa bàn lịch sử, sa bàn địa hình Việt Nam. 

 Vườn trường là nơi để học sinh học thực hành có tác dụng rất tốt đến kết quả học tập. Tuy nhiên, Những khó khăn ban đầu đang được khắc phục thì Đế quốc Mỹ mở rộng chiến tranh leo thang bắn phá Miền Bắc. Trong khói lửa của chiến tranh khốc liệt, từ những năm 1965 – 1975 đế quốc Mỹ đã dùng bom đạn hòng khuất phục ý chí của nhân dân ta. Nghe theo tiếng gọi thiêng liêng của Tổ quốc, một số  thầy giáo và lớp lớp học sinh đã gác lại sách bút, tình nguyện vào chiến trường. Điển hình là tháng 2/1965 thày Quý cùng 16 học sinh lớp 7 lên đường đi bộ đội đánh Mỹ thày, trò ở cùng 1 đơn vị bộ đội là trung đoàn 9 sư 304. Ở nhà trường học phải sơ tán lớp học ra các chân núi như chân núi. Nhân dân và chính quyền địa phương phải làm 18 phòng chuyển ra núi. Phòng học lớp nào phụ huynh học sinh lớp đó tổ chức xây dựng. Trong một thời gian ngắn các phòng học đã hoàn thành. Đắp 2350 m3 đất bao quanh các lớp học. Tổng sổ công đóng góp là 18.500 công, phụ huynh và học sinh đã đào 120m hào giao thông, 150 hầm Quảng Bình chữ A cho thày và trò tránh máy bay.

           Sau khi thống nhất đất nước, trường sáp nhập với trường cấp 1 và đổi tên thành trường PTCS Trường Yên, cơ sở vật chất dùng chung, toàn bộ phòng học, bàn ghế, sách giáo khoa, đồ dùng dạy học của hai trường hợp lại. Khu trường chính vẫn là trường Cơ bản. UBND tỉnh và thị xã Ninh Bình đã dành cho nhà trường vật liệu của 30 gian nhà ở hang Quàn. Những thành quả lao động và học tập không mệt mỏi ấy đã đơm hoa kết trái: Trường luôn là một trong những lá cờ đầu trong hệ thống các trường cấp II của toàn huyện. Nhà trường nhiều năm liền được công nhận danh hiệu tập thể lao động tiên tiến hoặc Tiên tiến xuất sắc và được nhận nhiều bằng khen, giấy khen của các cấp về các thành tích: Học sinh giỏi, văn nghệ, thể dục, thể thao… Tổ KHTN, KHXH của nhà trường được công nhận là Tổ lao động XHCN. Tháng 3/1978 Đoàn Thanh niên nhà trường được TW Đoàn tặng cờ Nguyễn Văn Trỗi.

Giai đoạn 1981-1984, Sở GD-ĐT Hà Nam Ninh, UBND huyện Hoa Lư có quyết định tách trường PTCS Trường Yên thành Trường PTCS Trường Yên và PTCS Đinh Tiên Hoàng (mỗi trường đều có lớp 1 đến lớp 8). Các trường được chia theo địa bàn dân cư.

Trong các năm học từ 1984 - 1989, theo Quyết định của UBND huyện Hoa Lư và Sở GDĐT Hà Nam Ninh, lại sát nhập 2 trường PTCS Trường Yên và PTCS Đinh Tiên Hoàng thành một trường PTCS Trường Yên.

Trong các năm học này nhà trường gặp rất nhiều khó khăn, điển hình là trận lũ lịch sử 9/1985 toàn bộ sân trường Cơ bản ngập, các lớp học ở khu lẻ đều bị ngập, học sinh không học được. Trong giai đoạn này nhà trường cũng nhận được nhiều phòng CSVC cho hoạt động hướng nghiệp của UNICEP trị giá 100 triệu đồng lúc bấy giờ (cả tỉnh Ninh Bình chỉ có trường PTCS Trường Yên được nhận dụng cụ hướng nghiệp này), từ đó nhà trường đã tổ chức cho học sinh luyện tập và học nghề. Cũng từ phong trào này, Phòng giáo dục đã tổ chức, tổng kết thi đua ở Trường Yên để làm mẫu về hướng nghiệp dạy nghề và quang cảnh trường học để các trường bạn học tập.

Đến năm 1989 theo chỉ đạo của UBND huyện và ngành giáo dục, trường PTCS xã Trường Yên tách thành 2 trường Tiểu học Trường Yên và Trường THCS Trường Yên.  Từ năm học 1989 – 1990 đến nay trường có tên gọi là trường THCS Trường Yên.  Phát huy truyền thống của các thế hệ đi trước, thầy trò trường THCS Trường Yên hôm nay tiếp tục nỗ lực tô thêm truyền thống của nhà trường. Ban chi ủy, Ban giám hiệu luôn năng động, sáng tạo tích cực tiếp thu kinh nghiệm của các thời kỳ trước và các trường tiên tiến của huyện, của tỉnh trong việc xây dựng đội ngũ, nâng cao chất lượng giáo dục toàn diện và mũi nhọn, công tác xã hội hóa giáo dục… Sự nỗ lực ấy đã được ghi nhận bằng những thành tích vẻ vang. Mũi nhọn học sinh giỏi hằng năm luôn xếp ở tốp trên của huyện. Nhiều học sinh đạt giải cao trong kỳ thi học sinh giỏi tỉnh các môn văn hóa. Tỷ lệ học sinh lên lớp thẳng hằng năm đạt từ 98% trở lên, học sinh tốt nghiệp THCS đạt từ  99%-100%.

Từ năm học 1996 - 1997 nhà trường chuyển địa điểm về địa điểm hiện nay. Từ học ở trường Tiểu học khu nhà kho HTX cũ. Cơ sở vật chất quá thiếu thốn, các phòng học là nhà cấp 4 dột nát. Đến nay, được sự quan tâm của đảng và Nhà nhà nước,  trường đã được xây dựng khang trang với 02 dãy phòng học (gồm 19 phòng học và phòng bộ môn), 02 dãy nhà chức năng, có các công trình vệ sinh, phòng y tế…  đủ tiêu chuẩn. Từ khi ra khu trường mới, đến nay toàn bộ các phòng học và phòng làm việc đều được xây cao tầng, cơ sở vật chất đầy đủ hơn, quy mô trường lớp được duy trì ở mức ổn định. Nhà trường xác định nhiệm vụ trọng tâm là nâng cao chất lượng dạy và học, nên đã có nhiều giải pháp, sáng tạo trong việc thực hiện các cuộc vận động: “Học tập và làm theo tư tưởng, đạo đức, phong cách Hồ Chí Minh”, cuộc vận động “Hai không”, cuộc vận động “Mỗi thầy giáo, cô giáo là một tấm gương đạo đức tự học và sáng tạo”, “Đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin” và triển khai thực hiện phong trào thi đua “Xây dựng trường học thân thiện, học sinh tích cực”. Đội ngũ cán bộ, giáo viên của nhà trường tỉ lệ đạt trình độ chuẩn và trên chuẩn hàng năm cao. Chất lượng giáo dục toàn diện của nhà trường vì vậy ngày càng được nâng lên. Tính từ năm học 2001 – 2002 đến nay nhà trường đã có gần 20 giáo viên giỏi cấp huyện và cấp tỉnh, trên 10 HSG Quốc gia, hàng trăm học sinh giỏi cấp huyện, cấp tỉnh. Trường THCS Trường Yên đã được công nhận trường đạt chuẩn Quốc gia tháng 12/2006 (Trường thứ 2 của huyện Hoa Lư khối THCS được công nhận chuẩn Quốc gia), 02 lần công nhận duy trì chuẩn Quốc gia (01/2013 và tháng 11/2018) và đến tháng 7/2020 được công nhận chuẩn Quốc gia mức độ 2; được Sở Giáo dục và Đào tạo Ninh Bình công nhận trường đạt KĐCL cấp độ 3 từ 4/2015, trường đạt danh hiệu "Trường học thân thiện, học sinh tích cực" loại xuất sắc. Nhà trường nhiều năm liền được công nhận danh hiệu tập thể lao động tiên tiến và tiên tiến xuất sắc; được UBND tỉnh Ninh Bình và UBND huyện Hoa Lư tặng nhiều Giấy khen, Bằng khen; đặc biệt năm học 2015 – 2016 trường được chủ tịch UBND tỉnh tặng cờ thi đua xuất sắc.

Đi qua hơn nửa thế kỉ, những trang vàng lịch sử của nhà trường đã ghi lại tên thầy, tên trò có những đóng  góp lớn lao cho sự nghiệp giáo dục, cho quê hương đất nước. Các thế hệ thầy, cô Hiệu trưởng - những người chèo lái con thuyền giáo dục của nhà trường qua các thời kì mãi mãi được các em học sinh ghi nhớ. Đó là: Thầy Nguyễn Văn Bào, thầy Phạm văn Bàng, thầy Đặng Văn Quý, thầy Lê văn Chơn, thầy Hoàng Phát Lực, thày Lê Văn Hoành, thày Nguyễn Đình Khanh, thầy Nguyễn Xuân Thảo, cô Đặng Thị Quyền, thầy Dương Xuân Linh, thày Nguyễn Mạnh Hà, thày Nguyễn Văn Lộng, thày Nguyễn Viết Công, thày Dương Văn Dần, cô Nguyễn Thị Bích Phượng và thày Trần Quyết Thắng.

Trong 60 năm qua, nhà trường đã có trên 6000 em học sinh tốt nghiệp ra trường, các thế hệ học sinh của nhà trường đã trưởng thành trên mọi lĩnh vực, góp phần cho sự nghiệp đấu tranh giải phóng dân tộc, xây dựng và bảo vệ Tổ quốc. Rất nhiều học sinh đã anh dũng hy sinh hoặc để lại một phần xương máu của mình trên chiến trường. Nhiều học sinh đã phấn đấu trở thành cán bộ trung, cao cấp của Đảng, Nhà nước.  

Cũng từ mái trường này đã có không ít cán bộ, giáo viên được tôi luyện thử thách, được Đảng tin cậy giao phó những trọng trách lớn lao. Tiêu biểu như thầy Lê Văn Hoành nguyên Hiệu trưởng nhà trường sau đó là Trưởng phòng GD-ĐT rồi Bí thư huyện ủy Hoa Lư, thầy Nguyễn Đình Khanh, nguyên Hiệu trưởng nhà trường đã từng giữ các chức vụ: Trưởng phòng GD-ĐT huyện Hoa Lư, Chủ tịch UBND huyện Hoa Lư và nhiều thày,cô giáo khác nữa.

  Với thời gian 60 năm xây dựng và trưởng thành, cứ mỗi năm học đi qua, thành tích của nhà trường mỗi dày thêm và trường lại khẳng định thêm vị thế, niềm tin với Đảng bộ, chính quyền, mặt trận, các tổ chức đoàn thể và nhân dân địa phương; khẳng định thêm sự đóng góp tích cực của nhà trường trong sự nghiệp giáo dục - đào tạo của địa phương. Phải nói rằng, thầy và trò trường THCS Trường Yên hôm nay có quyền tự hào đã giữ vững và viết tiếp trang sử truyền thống của ngôi trường ở vùng đất học, một vùng đất cố đô ngàn năm văn hiến.

Thanh Nhàn